仓鼠腹泻大多数都是由于细菌或者寄生虫导致，大肠杆菌和沙门氏菌是最常见能造成腹泻的微生物之一，当然也不能排除寄生虫感染的可能。首先应该进行粪便的镜检，排除寄生虫感染的可能性。一般的排除寄生虫感染以后，可使用抗生素和益生菌进行治疗，同时应当对仓鼠进行口服补糖补盐，以确保体内电解质平衡和能量的供应。