纯种波斯猫的眼睛颜色通常有蓝色、绿色、紫铜色、金色和琥珀色等，还可能会出现鸳鸯眼，也就是两只眼睛呈不同的颜色。一般情况下，纯种波斯猫的两只眼睛颜色都是一样的，鸳鸯眼多见于杂种波斯猫。波斯猫的眼睛颜色与其毛色有关，例如，银灰色毛发的波斯猫眼睛多为绿色、黄色或琥珀色，鸳鸯眼的波斯猫毛发大多是白色的。