虽然益生菌对猫咪肠道健康有益，但使用不当可能适得其反。抗生素治疗期间应间隔2小时再喂益生菌，否则会被抗生素杀死。免疫缺陷猫咪（如患猫艾滋）需谨慎，某些菌株可能引发机会性感染。急性呕吐腹泻时不宜立即补充，应先禁食观察，等症状缓解后再使用。选择产品时要避开含木糖醇等对猫有毒的添加剂，最好选用宠物专用配方。剂量并非越多越好，过量可能导致腹胀或排便异常，要严格按体重换算。酸奶不是理想来源，多数猫咪乳糖不耐受且酸奶菌种不适合猫肠道。开封后益生菌活性会快速下降，需注意保存条件和有效期。长期依赖益生菌可能影响自身菌群平衡，建议阶段性使用而非常年连续喂食。手术前后的猫咪使用前要咨询兽医，某些特殊情况需要特定菌种。如果服用后出现过敏反应（如皮疹、呼吸困难）应立即停用。切记益生菌不能替代正规治疗，严重消化道疾病仍需及时就医。