鳄龟作为变温动物，水温直接影响其生理机能，不同生长阶段需求各异。幼体鳄龟最适水温维持在26-28℃之间，这个范围能促进食欲和快速生长。成年个体可以适应稍低温度，22-25℃较为理想，有助于控制过度生长。冬季可自然降温至15-18℃，但不宜长期低于12℃以免进入强制冬眠状态。晒背区温度要显著高于水温，维持在32-35℃之间，确保鳄龟能有效提升核心体温。水温突变是最大威胁，换水时温差必须控制在2℃以内。加热棒要配合温控器使用，避免故障导致温度失控。夏季高温期水温超过30℃时需增加遮阴和通风，防止热应激。繁殖期雌龟需要短暂降温至18-20℃刺激排卵，随后恢复常温。患病个体通常需要提高水温2-3℃增强免疫力。使用优质温度计实时监测，避免依赖加热棒指示灯。大水体比小容器温度更稳定，水深要足够鳄龟完全浸没。地域亚种可能有细微差异，佛罗里达鳄龟比北美鳄龟更耐高温。